蓝色荧光DAPI常用于细胞核染色，优先与双链DNA结合，可与小沟中的AT结合。DAPI与双链DNA结合后，由于DAPI和小沟中的水分子被置换，可产生20倍的荧光强度。DAPI亦可与RNA结合，但结合的模式不同。DAPI/RNA复合体与DAPI/DNA复合体相比，发射波长较长（前者约500nm，后者约460nm）。在多色荧光染色技术中，DAPI也是较常用的核复染剂。其蓝色荧光可与绿色、黄色或红色荧光形成鲜明的对比。DAPI可特异性的染核，几乎不标记细胞质。

抗荧光淬灭封片液是一种用于减缓荧光淬灭的封片试剂。可以用于减缓各种常见荧光染料的荧光淬灭。本品含有DAPI，可同时完成细胞核染色和封片、操作更便利，只需在封片时用移液器滴加一滴本品在样本上，盖上盖玻片即可。