- DNA纯化——PCR产物纯化
- 点击次数:3251 更新时间:2021-11-10
一、产物直接纯化
PCR扩增完成后需要进行琼脂糖凝胶电泳检测,在条带单一无其他杂带的情况下,可以直接对产物进行纯化,常见的纯化方法有:
1、硅胶层析柱法
原理:大多数离心柱中吸附DNA的是一层硅胶膜,实际上就是一层玻璃纤维,其表面有大量修饰的硅羟基(Si-OH),硅羟基在溶液中解离后带负电,然后与带正电盐离子、带负电DNA形成电桥,从而吸附住DNA,使得DNA双链变单链,不会被生物大分子溶剂洗脱,但能经水溶性缓冲液水化后,被定量回收,从而实现纯化分离。

图1 硅胶层析原理示意图

图2 硅胶层析流程简图
2、磁珠法(abs60151)
原理:磁珠是有磁性的能吸附DNA的物质,其内部核心是铁离子,在磁场作用下可以吸附在磁体上。在核心外,经过羧化,带有羧基基团,在特定的离子条件下,可以与DNA结合。结合后,在外磁场的作用下,磁珠与DNA结合体移动到磁体周围,可以很方便去除其他多余的液体,这时,不能与磁珠结合的所有杂质都随水溶液一并去除。然后,在洗脱条件下,DNA与磁珠分离,溶解在水中,将溶解有DNA的溶液转移,就得到了纯化后的DNA样本。

图3 磁珠法结构示意图

图4 磁珠法纯化DNA流程简图
3、其他纯化方法
①渗透液结合醇沉纯化
原理:利用分子大小不同,小分子的物质能够通过渗透膜溶解到大量的溶液中去,而大分子的物质不能通过渗透膜,所以继续留存在透析袋中,通过乙醇沉淀最后达到去除小分子物质,得到纯化的有机大分子的效果。
②直接沉淀纯化
原理:DNA分子在高盐离子醇溶液中会被沉淀出来,而其他物质继续溶液在溶液中,沉淀出来的DNA分子经过离心与溶液成分分开,达到纯化的目的。
不同纯化方法对比
纯化方法
硅胶层析柱法
磁珠法
渗透液纯化
沉淀纯化
纯化介质
硅胶膜
磁珠
渗透膜
乙醇/异丙醇
优势
操作简便、快速、安全,产物纯度高随时用于下游实验
产物纯度高;通量高,可实现自动化;操作简便、快速、安全;高灵敏度
样本处理体积灵活,产量高,成本低
劣势
存在堵柱风险;对样本起始量有限制;难以实现自动化操作,大批量处理费时费力;小于100bp的DNA段难以吸附
需要搭配磁力架或者仪器使用,成本较高;部分DNA难以被抓取导致回收率低;小于100bp的DNA段难以吸附
安全性低,无法进行高通量提取、纯度较低
选择依据
样本起始量较充足,但数量不多,需要操作简便省时,且提取出的DNA能用于绝大多数下游实验的实验室
下游需要高纯度的DNA,需要大批量处理,能够支持自动化提取的实验室
时间充足,样本量充足,想节省成本的实验室
二、凝胶回收纯化
如电泳检测结果存在非特异性条带,则需要将目的条带切出来,再用胶回收试剂盒(abs60098)对凝胶进行回收纯化,相较于直接纯化,只是多了一步溶胶的过程,相应的产物纯度提高,回收率则下降。
结语:
在PCR扩增完成后,反应体系中除了DNA段,还存在离子、dNTP、引物及聚合酶等物质,这些物质会影响后续克隆测序等实验,因此对其产物进行纯化是必*步骤,不同的纯化手段各有自己的优缺点,老师们可以根据自己的需求选择适合自己的方法。
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